在工程总承包合同中，对于发包人擅自使用未经竣工验收的工程，对使用部分质量不符合约定的后果承担，实践中存在完全相佐的两种观点。本文分别述之。
第一种观点认为，对于工程总承包合同，对于发包人未经竣工验收擅自使用的，对使用部分质量仍应结合设计、采购、施工与工程竣工试验、试运行等情况综合认定。工程总承包项目注重项目使用功能，无论设计、采购和施工质量，终都落脚于满足“发包人要求”的评判标准上，无法满足发包人要求既可能是设计不完善，也可能是设施质量问题，如仅以发包人未经竣工验收擅自使用为由，对发包人其它方面正当诉求不予支持，有悖于工程总承包项目的合同目的。
更具体来说，有两点理由：
一是从法律规定及合同示范文本角度看，施工总承包和工程总承包在竣工验收程序上存在差异，不宜直接采用施工总承包的竣工验收程序标准评判工程总承包项目发包人未经竣工验收的行为。其一，法律法规层面关于项目竣工验收的质量标准通常针对施工总承包的施工质量问题；其二，不同工程总承包合同范本关于竣工验收程序均以满足发包人要求作为竣工验收的前提条件。上述二点通过分析施工总承包和工程总承包在竣工验收程序上的差异，得出不宜直接采用施工总承包对擅自使用的质量后果。
二是从司法审判实践的角度看，裁判机关对工程总承包项目的质量合格评判标准通常综合多方因素考虑，并非简单地以发包人是否擅自使用项目为判断依据。其一，通过最高院（2019）民早第1187号案，阐述在对设备质量负责是承包人主要合同义务下，即便发包人未经竣工验收擅自使用项目，发包人仍可能承担相应的质量责任。其二，通过最高院（2019）民终第250号案，阐述对于已经移交发包人使用的项目，发承包双方对质量问题产生争议的，也应将项目的运行情况作为评判项目质量是否合格的考量因素。
第二种观点认为：工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，应当免除承包人使用部分的质量责任。《民法典》第七百九十九条第二款规定，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用，未经竣工验收或验收不合格的，不得交付使用。《建筑法》第六十一条第二款和《建设工程质量管理条例》第十六条也作了相同的规定。建设工程质量关系人民生命和财产安全，国家对建设工程从勘察、设计到施工以及最后的竣工验收各个环节都作出了相应的保证工程质量的规定。建设工程质量验收是工程交付前的最后一个环节，必须严格执行。
更具体的来说，理由如下：
《建筑法》第六十一条的规定，不仅规定了未经验收的建设工程不得交付使用，同时规定经验收不合格的也不得交付使用，《民法典》第八百零一条、《建筑法》第五十八条、《建设工程质量管理条例》第二十六条均规定施工单位对建设工程的施工质量负责，未经竣工验收，发包人不得擅自使用，强行使用的，出现质量问题自行承担。该规定实质是工程质量责任风险的转移规定。
主要原因在于，发包人违反法律规定，擅自使用，即视为发包人对建设工程质量的认可，或虽工程质量不合格但自愿承担后果。发包人擅自使用未经验收的工程，应当预见工程质量可能存在问题，同时使用验收不合格的建设工程直接说明发包人对不合格工程予以认可。建设工程也因发包人的提前使用，工程质量责任风险由施工单位随之转移给发包人。
笔者是倾向于第二种观点的。《建设项目工程总承包合同（示范文本）》中，10.1.2竣工验收程序第（5）项指出，工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有工程之日为实际竣工日期。同时，10.4.4条规定，工程未经验收或验收不合格，发包人擅自使用的，应在转移占有工程后7天内向承包人颁发工程接收证书。在11.2缺陷责任期中也规定，发包人未经竣工验收擅自使用工程的，缺陷责任期自工程转移占有之日起开始计算。
相应的，施工总承包合同对此规定也是一致的，《建设工程施工合同（示范文本）》13.1.2条第（5）项中规定，工程未经验收或验收不合格，发包人擅自使用的，应在转移占有工程后7天内向承包人颁发工程接收证书。在13.2.3竣工日期中规定，工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有工程之日为实际竣工日期。此外，在15.2缺陷责任期中也规定，发包人未经竣工验收擅自使用工程的，缺陷责任期自工程转移占有之日起开始计算。
从施工总承包和工程总承包两大使用率最高的示范文本对比可知，两者对擅自使用的态度是一贯地，连续的，至少合同示范文本组织起草单位意见是一致的。另外，第一种观点的理由说理过程也是不充分的，比如说验收程序不同并不能说明对工程质量后果的态度是不同的，验收是程序是事项，质量后果是实体性事项。