就建设工程价款结算问题，首先应当按照合同约定的计价标准或计价方法进行结算。其实，因设计变更导致建设工程的工程量或质量标准发生变化的，当事人协商不成时的如何进行工程价款的结算。最后，是建设工程施工合同有效或无效情况下，针对竣工验收的结论不同，按照相关规定处理。建筑造价按照先后顺序可分为投资估算、设计概算和施工图预算；按合同价格形式可以分为总价合同、单价合同和成本加酬金合同；按计价方式可分为定额计价和工程量清单计价。
合同对建设工程计价标准或计价方法有约定的从约定
对于建设工程施工合同而言，工程价款结算属于合同的实质性条件，而且近年来，《建设工程施工合同示范文本》的大规模应用，对于工程价款结算之类的重要条款，不仅不会出现遗漏，而且会规定的很详细。所以通常情况下，当事人只需要按照合同约定结算即可。建设工程施工合同约定的工程款结算标准与建筑行业主管部门颁布的工程定额或清单计价办法不一致的，仍京戏以合同约定的为准 。而且定额是根据社会平均水平制定的标准，也非强制性规范。当事人之间随行就市订立的工程计价标准和计价方法应当维持。
针对实践中出现的明显高于或低于定额计价或清单计价的，在发生争议时，一方当事人会提出撤销或变更原有的约定。《民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。 因此，只要当事人的约定不违反该条规定的条件，不管双方签订的合同或具体条款是否合理，均应当尊重当事人的意思自治。
因设计变更导致建设工程的工程量或质量标准发生变化时，如何适用计价方法或计价标准结算工程价款
当事人之间约定的建设工程计价标准或计价方法并非不成不变，当设计变更导致建设工程的工程量或质量标准发生变化时，原合同中约定的计价方式或计价标准并非法定适用，设计变更不仅要导致工程量增加或减少，也会导致施工难度的增加或减少，甚至会提高或降低质量标准。这些情况都会较大幅度的影响工程价款，还会影响工程进度。此时，双方可就该部分工程价款协商解决，协商不成时如何处理呢？
1.可以参照建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准结算工程价款
对于设计变更引起的工程量的增减变化，已经有较在成熟的方案，可以参考《建设工程施工合同示范文本》10.4.1关于变更估价原则的规定处理，变更引起的工期调整可以参照10.6的规定执行，也可以根据《建设工程工程量清单计价规范》9.3.1的规定执行。《建设工程施工合同示范文本》和《建设工程工程量清单计价规范》对此规定基本一致。
对于设计变更引起的工程质量标准的提高或降低，通常也不能直接适用原合同的约定。提高工程质量标准，意味着承包人需要投入更多的资源和成本，相反的，可能减少资源的投入和成本。此时较为合理的方法是参照建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准结算工程价款。
2.参照建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准结算工程价款指的是“合同签订时的” — 时间要素
对于建设工程施工合同，从招投标的要约、承诺，到签订施工合同、履行合同，直到合同履行完成等均是重要的合同节点，而且建设行政主管部门在不同的时候会发布不同的建筑工程计价标准和计价方法，此时适用什么时期建设行政主管部门发布的计价标准或计价方法对当事人有重大影响。
综合施工合同履行的全过程，选择合同签订时的建设行政主管部门发布的计价标准或计价方法是较为公平的。首先，合同签订时，双方的权利义务以及预期利益和风险均已明确，双方对各自的利益均可预期。其次，设计变更引起的量价变动，双方当事人均不存在过错，也不存在违约。最后，采用合同签订后的标准，相对于合同签订时的标准出现高低浮动对任何一方显然都不公平。当然，特殊情况可以适用情势变更或不可抗力，但两者的适用条件不同，法律后果也不同。
3.参照建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准结算工程价款指的是“工程所在地（当地） — 地点要素
实践中，建设工程所在地有可能在原告所在地或被告所在地，也可能均不在当事人所在地，此时参照建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准结算工程价款指的当地是工程所在地。
不动产纠纷或建设工程合同纠纷采用不动产所在地管辖，也即法律规定的不动产专属管辖制度，而且各省对计价方法或计价标准均有不同的规定，不论以哪方当事人所在地的建设主管部门发布的计价标准或计价方法都有失公允，采用工程所在地不仅更加公平，而且也符合法律对不动产专属管辖的规定。另外，建设行政主管部门通常所指的是省一级的建设行政主管部门。
建设工程施工合同有效或无效时，竣工验收不合格的处理规定
建设工程施工合同有效和无效是两种完全不同的命运，合同有效，最直接的方式就是继续履行，履行不当赔偿损失；合同无效，最直接的方式是返还财产，返还不成折价补偿。
当建设工程施工合同有效，竣工验收不合同时，应当按照《民法典》第五百七十七条的规定处理。该条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。《2004年解释》中规定，此种情况参照建设合同无效且建设工程验收不合格的解决方案处理。这种历史性的错误是极其愚蠢的，可见当时的立法水平，不过现在也存一些以后看来很荒唐的规定。
当建设工程施工合同无效，竣工验收不合同时，应当按照《民法典》第一百五十七条、第七百九十三条的规定处理。即建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
当然实践中，不仅应该对工程验收不合格的原因进行查明，同时也要区分合同当事人的过错，即根据双方过错程序和违约行为，作出赔偿损失的结论。