1.鉴定机构对承包人可主张但却错算、漏算和多算的部分如何处理
在双方当事人提交鉴定材料后，鉴定机构在鉴定过程中，发现承包人在结算报告中可主张但错算、漏算和多算的部分，鉴定人应当如何处理？实务中存在两种观点，一种观点认为应当视而不见，鉴定人不能提出承包人可主张但未主张的部分，该部分应当视为承包人自行放弃；一种观点认为应当，鉴定机构受法院委托是一个中立的一方，应当给出一个客观的鉴定价格，不能因为承包人错算、漏算和多算就视而不见，而且承包人未主张的，并不代表放弃。鉴定实务中，鉴定机构基本都是第一种观点，但实际这种观点并不恰当。
笔者认为，以上两种观点均有一定的合理性，但问题也同样明显。首先，司法鉴定不同与双方当事人委托，是法院委托为查明专门性问题而委托的，因此客观中立是基本要求。其次，鉴定机构持第一种观点和第二种观点都是不恰当的，承包人提交的结算资料是单方面的资料，存在错算、漏算、多算的情况，这也是发包人不认可的地方，因此，鉴定机构就是要氢错算、漏算和多算的地方纠纷出来后给出一个客观的鉴定结果是应有之义。再次，还要注意在法院委托的鉴定机构的范围，如果鉴定机构在鉴定范围外发现承包人还有错算、漏算和多算的情况，鉴定机构通常是不能主动修正的，应当保持消极中立。
2.约定以财政审计为结算依据的，能否申请工程造价鉴定
财政审计是财政部门对工程决算的审核，是对财政资金的使用进行监督的行政措施，对民事合同当事人不具有当然的法律约定力。财政审计是对财政使用单位的监督，是一种对行政法律关系，当事人之间是一种平等主体的民事法律关系，是两种完全不同的关系。通常，如果当事人明确约定以财政审计结果作为结算依据的，应当尊重当事人的意识自治，这时一方当事人又申请司法鉴定的，不般不应允许。
然而，如果合同结算的过程中，双方又约定采用第三方审计或者双方另行达成结算协议的情况下，这种情况下，那么双方通过合意变更结算方式的，也应当尊重当事人的约定。至于这种约定导致财政审计无法约束双方当事人的，仅应当对发包人按照财政审计的相关法律法规给出处理，但不应当追究承包人的责任。另一方面，如果财政审计长期未出结果或者结果与实际出入较大，笔者认为应当支持启动司法鉴定，工程领域牵扯面大，资金很大，长期拖而不决不利于承包人对上下游的资金结算，也易爆发农民工工资问题，因此财政审计也应当在相对合理的时间内给出结果。财政审计往往有很多约束，比如变更和签证不能超过合同价的多少比例，设计变更的内容出现程序上的问题等，都会导致财政对承包人已经完成的工作量不予认可，甚至在承包人不同意的情况下故意刁难，因此这种情况下也应当支持承包人启动司法鉴定。
3.当事人要求鉴定机构向法庭出示内业稿的，是否应当支持
工程造价司法鉴定领域，经常遇到当事人在法庭提出要求鉴定机构提供内业稿（计算底稿）供当事人核对结果，这种情况是否应当支持呢？虽然目前建设工程施工合同司法鉴定中存在或多或少的问题，鉴定机构水平也参差不齐，实践中乱象丛生。但鉴定工作作为司法活动，当事人应当尊重和信任鉴定人，当事人在鉴定意见书及鉴定意见征求意见稿后，要求鉴定机构提供内业稿的，通过是不应当支持的。鉴定人是司法活动中独立的一方，不能将当事人置于鉴定人之上审查的角色。
但并不是鉴定机构的内业稿必须保密。《建设工程造价鉴定规范》GB/T51262第7部分档案管理中7.1.7条对鉴档案规定保存期限为8年、7.3.2对司法机关因工作需要查阅和借调鉴定档案的，应出示单位函件，并履行登记手续及7.3.4条对其它单位和个人一般不得查阅鉴定档案，因特殊情况要查阅的，应出具单位函件后批准后查阅。从上述规定可以看出，鉴定机构的内业稿不是必须保密的，如果确实有严重问题的，可以经当事人申请或法院依职权要求鉴定出具内业稿。
4.鉴定机构出具意见函中提及的限期反馈意见效力
建设工程司法鉴定案件，在鉴定机构出具的《xxx鉴定意见征求意见函》中，通常写有：“如贵方在上述期限内不能提交反馈意见，可能将被视为贵方认可该项目的鉴定意见，承担相应的法律后果。”这段话的效力如何呢？
该规定的目的是为了当事人及时对鉴定意见函提出意见，否则当事人对征求意见不提出任何问题，等 鉴定机构正式意见后在法庭上提出很多的问题，这样情况通过不利于案件的审理，也避免不断提异议拖延诉讼。所以一般而言，这种明示性告知，如果期限是合理的，应当视该条是有效的。但如果当事人超期提出的观点，理由合理，而且涉及对当事人利益重大影响的，考虑实质公正的要求，通过也可以适当宽松处理，但这种适当宽松也应当在《民事诉讼法》对举证期限的约束。