1.鉴定期限多头规定各有不同
如司法部《司法鉴定程序通则》第二十八条规定，司法鉴定机构应当自司法鉴定委托书生效之日起三十个工作日内完成鉴定。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊技术问题或者鉴定过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时限可以延长，延长时限一般不得超过三十个工作日。鉴定时限延长的，应当及时告知委托人。司法鉴定机构与委托人对鉴定时限另有约定的，从其约定。《最高人民法院对外委托鉴定、评估、拍卖等工作管理规定》第三十四条规定，专业机构一般应在接受委托后的30个工作日内完成工作，重大、疑难、复杂的案件在60个工作日内完成。因委托中止在规定期限内不能完成，需要延长期限的，专业机构应当提交书面申请，并按法院重新确定的时间完成受委托工作。《建设工程造价鉴定规范》3.7.1鉴定期限中规的时限见下表：
| 争议标的涉及工程造价 | 期限（工作日） |
|---|---|
| 1000万元以下（含1000万元） | 40 |
| 1000万元以上3000万元以下（含3000万元） | 60 |
| 3000万元以上10000万元以下（含10000万元） | 80 |
| 10000万元以上（不含10000万元） | 100 |
实践中往往鉴定期限大于上述规定的时限，据江苏省高级人民法院民一庭课题组的研究，鉴定周期拖延的首要原因是当事人不断补充鉴定材料。
2.造价司法鉴定机构存在多头管理
特别是工程造价鉴定领域的司法鉴定存在三套管理体制，一是《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》及司法部《司法鉴定程序通则》的规定，由司法行政主管部门核准的司法鉴定机构开展的造价司法鉴定；二是《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》《最高人民法院对外委托鉴定、评估、拍卖等工作管理规定》，由人民法院核准载入名册的鉴定机构和鉴定人做的鉴定；三是原建设部颁布的《工程造价咨询企业管理办法》（2020已修正）规定的造价咨询机构在等级许可范围内作的造价咨询鉴定。甚至有时候，就同一案件，需要做造价鉴定、质量鉴定、修复方案鉴定等综合鉴定，多头管理的问题实务中就绕不开。
3.鉴定范围、依据、材料存在的问题
鉴定范围涉及到鉴定的工作量，对鉴定期限有较大影响。但在实践中，有的法官怠于对当事人申请鉴定的事项进行审查，直接根据当事人申请委托鉴定，或者法官对鉴定事项的范围描述不清，或鉴定机构擅自扩大鉴定范围等等。
鉴定的依据涉及采取哪种材料作为依据，特别是工程造价领域，是按定额计价还是按清单计价，按照哪年哪期的信息价做为依据，取费基数怎么取，这些都关系到结果的客观和准确性。实践中存在对当事人约定理解不准确或者不考虑合同约定一律采用定额进行鉴定的情况。
鉴定的材料关系到能否做为鉴定依据的问题，鉴定材料应具有真实性、关联性、合法性要求，而且必须经过法院组织当事的充分质证才能做为鉴定的依据，否则容易导致鉴定意见出现严重问题，轻则补充鉴定，重则重新鉴定或者鉴定结果不被采纳。
鉴定虽然专业机构对专业问题作出的判断，但鉴定程序中涉及大量的法律问题，司法鉴定中存在很多问题，与法官对鉴定程序失去主导权有关。一些法官缺乏这专业知识或者缺少主动掌控鉴定过程的意识，过于依赖鉴定人，导致以鉴代审现象履见不鲜。