鉴定机构就同一事项重复出具鉴定意见的问题，不仅出现在刑事审判领域，也大量存在于建设工程合同纠纷领域。实践中鉴定机构对自己出具鉴定报告意见很随意，不管什么问题，都可以使用“补充/补正鉴定报告意见书”的形式提交给法院，导致案件当事人对鉴定机构和鉴定人员的意见很大。
鉴定机构能出具与鉴定报告意见相反的补充鉴定意见吗
对于鉴定机构能不能出具与鉴定报告意见完全相反的补充鉴定意见，从实践来看，民事和刑事领域都是存在的，暂且不论该存在是否合法性。在（2020）渝0114刑再1号裁判文书中，看到如下描述：
本院判决发生法律效力后，被告人任某福向本院提交了与原审案件鉴定意见书同一鉴定机构同一鉴定人出具的补充鉴定意见书，即南川林业司法鉴定所（2019）林鉴字第233号补充鉴定意见书。该补充鉴定意见书证实涉案林木并非国家一级重点保护野生植物南方红豆杉。
最终，法院认为，两份鉴定意见对于涉案林木是否属于国家一级保护野生植物的结论相互矛盾，对被告人作出疑罪从无的判决。民事诉讼领域此种现象更是不胜枚举。
1.鉴定机构出具鉴定意见后的三种行为
在目前的证据规则框架下，鉴定机构出具报告后可以有3种行为：
一、撤销鉴定意见。撤销鉴定意见是指鉴定机构出具的鉴定意见被法院采集后，鉴定人要求撤销鉴定意见的情况。
二、补正/补充鉴定。补正/补充鉴定是指鉴定意见存在瑕疵，通过补正/补充鉴定的的方法解决原鉴定意见中存在的问题。
三、重新鉴定。重新鉴定通常是指鉴定机构出具的鉴定报告存在如鉴定人不具备相应的资格、鉴定程序严重违法、鉴定依据明显不足及鉴定意见不能作为证据使用的其它情形等。
2.区分鉴定意见书的补充和补正
补充鉴定是原委托鉴定的组成部分，应当由原司法鉴定人进行。存在如（一）原委托鉴定事项有遗漏的；（二）委托人就原委托鉴定事项提供新的鉴定材料的；（三）其他需要补充鉴定的情形等情形的，鉴定机构可以根据委托人的要求进行补充鉴定。
补正鉴定是原司法鉴定意见书上进行，由至少1名司法鉴定人在补正处签名或者必要时，可以出具补正书的形式。对司法鉴定意见书进行补正，不得改变司法鉴定意见的原意。鉴定意见书出具后，如存在（一）图像、谱图、表格不清晰的；（二）签名、盖章或者编号不符合制作要求的；（三）文字表达有瑕疵或者错别字，但不影响司法鉴定意见的等情形的，鉴定机构可以进行补正。
鉴定意见的补正不能改变鉴定意见原意，而补充是对遗漏事项或新的鉴定材料作出的意见，有可能改变鉴定意见原意的。但在补正鉴定中，鉴定机构可以主动对原鉴定报告进行补正，而在补充鉴定中，鉴定机构未经委托人要求不能主动对原鉴定报告进行补充。
3.鉴定机构出具相反补充鉴定意见的合法性
首先，鉴定机构无权随意出具补充鉴定意见。鉴定机构作为中立机构，并非纠纷当事人，仅就专门性问题给出意见。其仅就当事人有异议或人民法院认为有必要时，鉴定机构才可以对其作出的鉴定意见作出解释、说明或补正。
其次，鉴定机构在鉴定事项没有遗漏、未新增鉴定材料、其它他需要补充鉴定的情况下，也没有主动出具补充鉴定意见的权利，法律及相关规定也没有赋予鉴定机构该权利。
再次，鉴定机构在委托人要求后出具的补充鉴定中，虽然可能存在改变鉴定意见原意的情况，但在遗漏事项、新增鉴定材料等没有变化的情况下，在没有合理解释下出具完全相反的补充鉴定意见即是违法违规行为，此时，不能采用通说主张的由法院择其一而用的观点。此种情况，作者更建议组织重新鉴定。
最后，鉴定机构出具的鉴定意见书是法定证据的一种形式，其应该符合举证质证对证据时限的基本要求，不能无限期的允许鉴定人补充鉴定意见。如实践中存在法院辩护终结后宣判前鉴定机构出具了补充鉴定意见。