工程价款支付涉及到支付款项、支付时间、支付条件等，关系到承包人资金使用成本，影响承包人生存的重大问题。工程结算涉及结算资料、结算依据、结算时限、结算方式等，良好的工程结算有利于项目无限期拖延导致无法回收工程结算款和质量保修金，同时也延长了工程质量维护的成本。
根据笔者经历，工程总承包工程价款支付和结算中应当注意的问题有以下一些：
1.实名制管理农民工。实名制管理可以保证工程总承包单位按照《保障农民工工资支付条例》的要求按月支付农民工工资，避免因拖欠农民工资导致上访、停工、窝工等影响工程建设和社会稳定的问题。
2.明确是否垫资的约定。实践中，在工程总承包合同中很少会出现“垫资”字眼，通常是“垫资”的变通，如不提供预付款、降低进度款支付比例或其它融资欠款行为。垫资需要区别项目的资金来源，对于政府投资项目，多个文件规定，禁止垫资施工，2019年的《政府投资条例》、2020年的《保障农民工工资支付条例》和《保障中小企业款项支付条例》将垫资施工从违规上升到违法。但对于企业投资项目，法律并未禁止垫资，对此要特别在合同中约定垫资的相关事宜，因为司法对垫资和工程欠款处理是两条完全不同的思路。
3.区别对待设计费和施工费。特别是工程质量保修金，预留的金额通常是工程价款的3％，但这里的工程价款是指总工程价款还是施工部分的工程价款，对施工总承包单位影响很大。所以约定施工费部分预留质量保证金，而不计提设计费部分的质保金，在工程结算后全额支付。
4.结算价款以审计为准要明确约定，同时要约定时限。仅仅约定以财政审计为准往往是不清楚的，但明确的结算价款以审计为准通常是合同双方应当遵守的，但第三方审计的时限往往不是当事人完全控制的。拖延也是第三方审计的一种策略，为避免第三方审计无限期拖延，在合同当约定第三方审计的时限，可以避免审计无限期且不满足工程价款支付条件的问题。
5.明确工程各种款项支付的时间、条件。特别是工程总承包合同中包含的内容很多，清晰明了的工程价款支付界限尤其重要。工程价款中的进度款通常采用形象进度和里程碑支付形式，但形象进度可以是按幢也可以区块，此时完成正负0.000时支付工程进度款是单项工程还是区块工程，会导致承包人回款困难。
6.约定好竣工结算的内容、结算依据、期限等内容。特别是当发包人无力支付工程价款又急于将工程投入使用，实践中承包人往往拒不配合交付资料备案，如何最大程度的平衡发包人和承包人之间的关系，实践中的操作手法丰富，出现了结算后出具欠款、互保、抵押等等方式。
7.优先受偿权的约定。实践中，有一些合同中对工程价款中产生的利息及其它实现债权的费用约定进了优先受偿权，对这一约定的有效性笔者是存疑的。因为工程的优先受偿权是一种法定权利，其与担保物权、购房者、劳动者、国家税收按照一定的顺序进行受偿，这是一种制度安排。而放任发承包双方放大优先受偿权的范围，势必会影响后续权利人对债权的实现可能和大小。