工程总承包项目与施工总承包项目竣工阶段风险还是有很大区别的，这种区别不仅体现在责任主体，也体现在验收流程、验收依据以及竣工结算等环节。注意这些差异，可以有效防范工程总承包合同履行过程中的风险。
竣工验收责任主体的差异
传统的施工总承包通常包含五方责任主体，即建设单位、施工单位、监理单位、勘察单位和设计单位，而在深化建筑业改革过程中，工程总承包单位和全过程咨询单位基本接替了施工单位、监理单位、勘察单位和设计单位的职责。因此，工程总承包模式下，竣工验收的责任主体调整成建设单位、工程总承包单位和全过程咨询单位三方主体。
这种大合并、大部门式的责任主体，相关法律、法规和规范性文件是远远没有根上的，实践中还是按照五方主体的责任简单分配给相应的责任主体，这种方式弊端也相当明显。
竣工验收流程的差异
施工总承包的验收流程主要包括工程试车流程和竣工验收流程两部分，而工程总承包因为存在发包人要求，不仅有工程本身的验收流程也包含安装设备的验收两部分，主要包含竣工试验、竣工验收以及竣工后试验等流程，而且具体实施的环节、步骤也不太相同。
工程总承包竣工验收流程主要集中在《建设项目工程总承包合同（示范文本）》的第9条、第10条和第12条。
竣工验收依据的差异
竣工验收依据根据行业领域不同，差异极大。传统领域的房屋建筑和市政基础设施之外的其它领域，也是工程总承包的实践的重要领域，包括港口工程、运输机场、煤矿建设项目、铁路建设项目，都对本行业单独规定了竣工验收管理办法、规程和办法。这与传统的《建筑工程施工质量验收统一标准》及其分部分项检验批质量验收标准有很大的不同。
工程总承包项目中，上述行业的独有规定、性能往往是发包人要求中特别规定的性能指标，有些甚至对此规定了性能损失违约金，这是区别与传统质量保证金和履约保证金另一种违约金，在工程总承包项目中是非常有针对性的。
竣工结算内容的差异
工程总承包项目通常是采用全过程咨询跟踪审计，按期或按节点支付，很多项目采用工程总承包模式，是建设单位利用工程总承包单位的资金优势而开展项目建设。因此，项目结算中容易将工程借款、违约金和利息忽略掉，造成重大损失的发生。
司法实践中，发承包双方结算完成后发现未结算的遗漏项目，除非在结算过程中提出了主张或声明保留，否则再要求对方增加结算金额是不会被支持的。竣工结算不同与过程结算，它是一个债权债务的总结算。
施工总承包通常仅包含建安部分费用，而工程总承包不仅包含建安部分，也包含勘察、设计部分费用，因此，如何将勘察、设计部分的钱先行结算是工程总承包单位需要研究的重要内容。