现行有效相关法律法规并未明确规定工程总承包合同中发包人主体不能变更的问题，《建设项目工程总承包合同（示范文本）》（2020版）条款中也未见发包人主体变更后的权利和义务相关内容，因此解决此问题还需要回到《民法典》寻找依据。发包人主体变更牵涉的主要条文有《民法典》第六十七条、第五百五十五条、第五百五十六条等。
发包人主体变更后的权利和义务
发包人主体变更主要有三种情况：一是发包人将工程总承包合同的权利义务一并转让给第三人；二是发包人的分立；三是与发包人并存的债务承担。不管是哪种情况，只要是根据合同性质不得转让、按照当事人约定不得转让或依法律不得转让的情形外，工程总承包合同的发包人变更主体应当是被允许的。
1.发包人将工程总承包合同的权利义务一并转让给第三人
《民法典》第五百五十五条规定，当事人一方经对方同意，可以将自己在合同中的权利和义务一并转让给第三人。这种权利义务的一并转让通常指的是原发包人退出，新发包人加入，权利义务由新发包人继受。值得注意的是，实践中有些通过股权收购或是其它方式加入的，新加入的主体是否适格通常需要经有关机关批准，另外法律规定一些主体不适合在公司担任董监高且有年限规定。
发包人将合同权利义务一并转让，在工程上通常需要总承包人的同意，因为涉及到支付工程款义务的转移，不同的主体经济实力完全不同。但有一种情况例外，即由第三人履行的行为。因为第三人不履行债务或履行不符合约定的，发包人应当向总承包人承担责任。
2.发包人分立后工程总承包合同权利义务的确定
《民法典》第六十七条规定，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。法人分立的，其权利和义务由分立后的法人享有连带债权，承担连带债务，但是债权人和债务人另有约定的除外。《公司法》对此也有类似的规定。由此可知，除特别约定外，通常是由分立后的法人承担连带责任。
3.与发包人并存的债务承担时权利义务
与发包人并存的债务承担可以分为并存的债务承担和由第三人履行，两者在实践中有完全不同的效果。并存的债务承担是指第三人与债务人约定加入债务并通知债权人，或者第三人向债权人表示愿意加入债务，债权人未在合理期限内明确拒绝的，债权人可以请求第三人在其愿意承担的债务范围内和债务人承担连带债务。由第三人履行是指，当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。
严格意义上讲，用“并存”来描述上述两种情形在法解释学上是不严谨的，笔者的目的仅是作为债务情形的描述，读者理解即可。并存的债务承担与第三人履行一个本质的不同在于：并存的债务承担是一种连带责任，而由第三人履行确是严格坚守合同相对性的。
实务中，发包人主体变更通常指的是并存的债务承担，但并不排除由第三人履行的情况。因此，在专用合同条款中明确约定债务并存的概念是权利义务承担的基础，既而影响到工程款、违约责任、优先权、索赔与反索赔等等一系列主体的确定问题。