2021年新《民事案件案由规定》将建设工程合同纠纷分为九类，但没有工程总承包合同纷纷分类。另外，《民诉法解释》规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照 不动产纠纷确定辖。《民事诉讼法》规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。但关于工程总承包合同纠纷管辖一直没有直接的法律依据，这也是实践中有争议的问题。
目前不动产纠纷管辖规则
建设工程通常归类于不动产，而不动产纠纷依据《民事诉讼法》第三十三条的规定适用专属管辖。2021年1月1日执行的新《民事案件案由规定》对建设工程合同纠纷分为九类，分别是（1）建设工程勘察合同纠纷（2）建设工程设计合同纠纷 （3）建设工程施工合同纠纷（4）建设工程价款优先受偿权纠纷（5）建设工程分包合同纠纷（6）建设工程监理合同纠纷（7）装饰装修合同纠纷（8）铁路修建合同纠纷（9）农村建房施工合同纠纷
另外，《民事案件案由规定》第五点适用修改后的《案由规定》应当注意的问题中提到，在案由横向体系上应当按照由低到高的顺序选择适用个案案由。确定个案案由时，应当优先适用第四级案由，没有对应的第四级案由的，适用相应的第三级案由;第三级案由中没有规定的，适用相应的第二级案由;第二级案由没有规定的，适用相应的第一级案由。
综上，工程总承包合同通常包括设计、采购、施工等内容，施工部分显然属四级案由“建设工程施工合同纠纷”，但设计和采购部分却非该四级案由所能囊括。目前，实践中对于工程总承包合同的案由通常以建设工程施工合同纠纷、建设工程合同纠纷、买卖合同纠纷或承揽合同纠纷这四类确定，因此也存在专属管辖和一般管辖两种不同观点。
未实际履行的工程总承包合同是否适用专属管辖？
最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条第三款规定，合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。另外，最高法杜万华法官于2015年发表的《<民事诉讼法>司法解释重点问题解析》一文中指出，新民诉司法解释所提到的关于不动产纠纷案件的管辖问题，认为“……第三类是建设工程施工合同纠纷。建设工程施工合同具有承揽合同的性质，但合同目的是要建设不动产，所以也将其列为不动产纠纷。但这项规定争议很大。如果建筑已经建好，将其列为不动产纠纷没有问题。如果建设工程合同还没有履行，建筑还没有建起来，还能作为不动产纠纷吗？最后权衡利弊还是将其作为不动产纠纷处理”。
工程总承包合同纠纷可以参考上述情况的规定，新民诉司法解释的起草者已经考虑到了该情况，但并未进行分类处理，只是权衡利弊后采取一刀切的方式来解决该管辖问题。由此可知，最高院将建设工程施工合同纠纷纳入专属管辖显然是为了诉讼便利及经济原则考虑的。工程总承包合同的终极核心是建设施工，以专属管辖更符合立法和司法原意。当然，对于名为工程总承包合同，但承包范围中不包含建设工程设计或施工内容，或虽有少量建设工程勘察、设计或施工内容但按其工程规模依法不需要报批报建的，则不宜认定为工程总承包合同。
工程总承包合同项下的合同是否适用专属管辖？
原《建工司法解释（二）理解与适用》第366页中写道，在上述各种总承包模式中，合同中约定设计费甚至勘察费应属于工程款的范围，而且一般与施工款同时结算、同时支付。因而承包人可以就相关费用主张优先权，据此可知勘察、设计合同与工程总承包合同的关联度高、关系紧密，甚至难以拆分，因此一般适用专属管辖。
关于工程总承包合同项下的合同是否适用专属管辖的问题，国电光伏有限公司与金昌恒基伟业电力发展有限公司、张征宇、恒基伟业投资发展集团有限公司、张家港吉阳新能源有限公司合同纠纷案「（2015）苏商初字第00036号、（2016）最高法民辖终249号「给出了最高法对此的态度。原告国电光伏公司主张案由是承揽合同纠纷，被告金昌公司主张是不动产纠纷合同。
江苏省高级人民法院认为，金昌公司作为发包人与承包人国电公司签订的《商务合同》明确约定，工程项目的范围包括详勘、工程设计、设备材料采购供应、建筑安装工程施工、工程管理、设备安装与调试等，并对工期、工程验收、工程款支付、赶工费等进行了详细约定。虽然合同所涉项目既包括土建部分，也包括设备安装部分，但双方合同中明确约定设备价款占合同总价的80%左右。故综合合同整体内容，本案不属于建设工程施工合同纠纷，不适用《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条关于不动产纠纷的专属管辖规定。
最高人民法院完全扭转了这一观点，并指出涉《商务合同》既包括土建部分，也包括安装部分，且两部分不可分离，合同的性质从整体来说更符合建设工程施工合同的特征，故本案案由应为建设工程施工合同纠纷。本案工程施工地点在甘肃省金昌市，甘肃省人民法院享有本案的管辖权。国电公司与金昌公司协议管辖条款，因违反专属管辖的规定而无效。
从上述案例可知，最高人民法院对工程总承包合同项下的合同是否适用专属管辖意见是明确的，但约定仲裁管辖的除外。以上规则通常仅适用国内工程管辖，涉外工程总承包规则与此不同。