工程总承包合同因其特殊性，很多问题不能直接适用施工合同司法解释，工程总承包合同纠纷中有四个特殊方面是不宜适用施工合同司法解释规定来处理的，包括规划审批手续与合同效力的关系、垫资行为和利息、设计缺陷的非发包人过错、设计变更的价款调整。
工程规划审批手续与工程总承包合同效力之间的关系
在传统的施工总承包模式发包程序中，首先，由发包人对建设工程项目的设计进行招投标，确定设计承包主体后，发包人才可以提交建设工程项目设计方案向城市规划行政主管部门申领建设工程规划许可证。其次，城市规划行政主管部门对建设工程的设计方案审定通过后，才予以核发建设工程规划许可证。最后，发包人编制施工招标文件，确定工程项目的施工承包人，并签订《建设工程施工合同》。
工程总承包模式下发包程序通常是：（一）签订《建设项目工程总承包合同》，（二）承包人开始项目设计工作或对项目设计、施工进行分包，（三）提交项目设计方案，（四）经城市规划建设主管部门审核通过，（五）取得建设工程规划许可证。
因此，在施工总承包模式中，出具设计方案和申领建设工程规划许可证在前，签订建设工程施工合同在后。在工程总承包模式下，承包人应对建设工程项目的设计、采购、施工的全部阶段实行总承包，应是签订工程总承包合同在前，提供设计方案、申领建设工程规划许可证在后，此时若机械适用新《施工合同司法解释》以未取得建设工程规划许可证的工程总承包合同无效的，则与实践脱节。
垫资行为的效力及垫资利息的处理
垫资现象在工程上普遍存在，甚至工程总承包模式就是垫资的温床，客观上业主选择EPC模式的目的即在于解决项目融资问题，垫资利息的约定通常远高于LPR，毕竟投资和回收期很长，不可控因素多。
目前实践中的利息分垫资施工期间的利息与垫资施工结束后未及时返还的利息，前者不得突破银行同期贷款利率，但后者按照工程欠款处理。然而根据《民间借贷司法解释》规定利息不超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍，那么很多工程总承包项目可能无法开展，或者通常规避《民间借贷司法解释》的方法来解决这个问题。
设计缺陷通常不属于发包人的工程质量缺陷过错
在施工总承包合同纠纷中，因发包人提供的设计有缺陷造成建设工程质量缺陷的，发包人应承担过错责任。而在工程总承包合同纠纷中，因为设计本身即包含在发包范围内，因设计缺陷导致工程质量存在缺陷的应由承包人负责，即使在发包人批准设计的情况下该工程质量缺陷亦与发包人无关。即便业主方指定或批准了某一设计，但是最终的建筑产品仍应当符合既定的合同根本目的。
一般来讲，如果承包方同意按照某一设计施工，而该设计又无法满足其已经承诺的合同根本目的实现的话，承包方应当承担相应的责任。
不涉及业主要求变化的设计变更，并不必然成为调整工程价款的依据
总承包项目中，业主对未来的项目通常只有原则性的要求，对项目的设计、采购、施工的具体环节并不明确。总承包合同中的业主要求取代了施工合同中的图纸和规范，确定了总承包项目的标准。因此，总承包工作内容不像单独的施工合同那样，在合同签订时就非常明确、具体。这就要求总承包商能够充分理解业主提出的项目建设意图，并依据业主对功能、设计准则等的基本要求，以及业主提供的事先勘测考察现场情况的基本资料和数据来完成设计任务。
总承包项目的上述特点决定了业主更关注结果，强调项目最终成果。业主对总承包商设计文件的一些修改意见，通常被业主视为是符合工程预期目的的设计优化而不是设计内容的变更，被认定为价格包含在总承包合同中且不能增加。这是实践中最容易引起业主和总承包商冲突与矛盾的地方。解决这类冲突和矛盾的最根本路径在于区别设计变更和承包合同内容变更的不同。
设计变更是指设计单位根据委托人或者根据政府的有关规定对图纸的改变，设计变更通常是对设计的局部修改、完善，一般包括更改工程有关部分的标高、基线、位置和尺寸，或是调整有关工程的施工时间、顺序，或是增减合同中约定的工程量，以及其他有关工程变更需要的附加工作。承包合同内容变更是指订立合同的当事人，对承包合同确定的权利义务经协商一致予以改变。两者存在明显的差别。
在施工总承包的场合，设计由发包人提供并就设计文件的完备性向承包人承担责任，故在施工过程中若发生设计变更的，双方应按照约定程序及计价标准相应调整合同价款。但在工程总承包模式下，设计本身即系承包人工作内容，若设计变更突破合同约定的“发包人要求”范围的，通常可以触发调价机制，但对于不涉及发包人要求变化的设计变更，并不必然成为调整工程价款的依据。