延期竣工案件中诉讼时效的问题
笔者在建设工程竣工日期存在争议时的确定方法一文中对竣工日期进行了较为详细的阐述，但实务中，经常有延期竣工案件一方当事人主张已过诉讼时效的问题。这种情况往往是实际竣工时间与合同约定的竣工时间不一致时产生的问题，发包人或承包人会站在自己的角度选择对自己有利的竣工时间开始起算诉讼时效，法庭上往往双方各执一词。
《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。因此，要根据案件事实，对实际竣工时间延迟的原因和责任进行认定，再基于常理判断权利人知道或者应当知道权利受到损害之日，准确确定诉讼时效的起点，进而妥善处理一方当事人主张是否超过诉讼时效的问题。
法院对当事人的反诉和抗辩发生错误时的可能结果
关于“抗辩”和“反诉”的区别，笔者在建设工程施工合同纠纷案件中的抗辩与反诉的判断一文中已经进行了讨论。此处仅针对法院对当事人的反诉和抗辩发生错误时的可能会出现的结果进行讨论。
在一审中，如果当事人主张是反诉，一审法院认为是抗辩，当事人不服上诉的，二审法院会依据当事人的审级利益，依据《民事诉讼法解释》第三百二十八条的规定，进行调解，调解不成的，告知另行起诉，也可能会依据《民事诉讼法解释》第二百五十一条规定，撤销原判，发回重审。
在一审，如果当事人主张的是抗辩，一审法院认为是反诉的，必然要导致反诉一方当事人交纳诉讼费用，并根据裁判结果分担诉讼费用。当事人不服上上诉的，二审法院可能在一定程度上会维持一审的裁判结果，当然，二审法院也可能改判或发回重审。
工程款和质量保证金需要分开主张还是合并主张的选择
通常情况下，质量保证金其实就是施工单位工程价款的一部分，但是质量保证金一般约定在缺陷责任期结束后才算，附期限的一部分工程价款。因此主张一口价工程价款通常是包括质量保证金的，这个程序上应该没有障碍，实体上能不能支持另当别论。
将工程结算价款和质量保证金单独主张事实上也不存在程序上的障碍，唯一存在问题的是质量保证金单独主张，因为工程质量保证金是附期限的工程价款，如果期限未到，法院很难单独支持该请求。另一种特殊情况是一审的时候工程还在缺陷责任期，但由于建设工程的复杂性，至二审的时候已经缺陷责任期，满足退还质量保证金的时间要求时，能不能在二审的主张？
笔者认为，如果另一方当事人愿意就此问题同意调解的，可以在二审中处理。否则法院会根据审级利益要求当事人另行起诉。
工程质量存在缺陷时能否扣留质量保证金
笔者在保修人未及时履行保修义务时的赔偿责任一文中对质量保修制度、工程质量保修范围、保修期限和保修责任及质量责任划分等内容作了论述。工程质量保证金是保证承包人在缺陷责任期对建设工程承担维修责任而设置的一项保修制度内容。
对于发包人是否能以工程质量存在缺陷全部或部分扣留质量保证金的问题，笔者认为，工程质量缺陷的原因复杂，要根据工程质量产生的原因作出判断，如果质量缺陷是施工单位原因产生的，可维护之前可以扣留。但问题在于发包人如何需要证明这个责任是施工单位原因造成的，发包人单方面的证据也并不一定客观公允。因此，笔者认为，以不扣留为原则，扣留为例外。
未经竣工验收的工程缺陷责任期问题
笔者在不同情况下承包人请求返还工程质量保证金的期限一文曾提及缺陷责任期与工程保修期的区别、承包人请求返还工程质量保证金的情形等内容。缺陷责任期从工程通过竣工验收之日起算，因此未经竣工验收的工程，根本不存在缺陷责任一说。未经竣工验收的工程通常是烂尾工程，此时发包人不能扣留质量保证金。
另外一个有争议的问题是，建设工程施工合同因各种原因烂尾或无效或中途解除的情况下，发包人与承包人解决合同后，承包人是否还需要根据法律法规的规定及合同约定承担保修责任。鉴于《民法典》第五百五十七条对原《合同法》在合同解除后的法律后果进行了重大变化，增设了第二款的合同解除的，该合同的权利义务关系终止的规定。针对此情形，笔者在施工合同解除后质量保证金如何处理一文中进行了抛砖引玉的讨论。